Le Pays des Trois-Lacs est particulièrement indiqué pour des déplacement en bateau, pour les loisirs principalement. Ainsi, la Société de Navigation sur les Lacs de Neuchâtel et Morat SA, fondée en 1872, véhicule l'esprit de cette grande région lacustre grâce à sa flotte de dix navires, transportant quelque 300'000 passagers par année. Les bateaux de la Navigation circulent tous les jours de mai à octobre en courses régulières. Bateau emblématique du lac de Neuchâtel, le vapeur "Neuchâtel" a été remis à flot grâce à la société Trivapor, qui navigue à nouveau depuis 2015 et dont on entend la sirène, en été, jusqu'au coeur de la vieille ville!
Par ailleurs, un abonnement annuel Neuchâtelroule offre le tarif réduit à bord des bateaux de la LNM sur les lacs de Neuchâtel et de Morat. Attention : Places limitées sur le vapeur pour les vélos.